ใน Sonic the Hedgehog 3 โซนิคและเพื่อนๆ ของเขา – Tails and Knuckles – เริ่มต้นการผจญภัยครั้งใหม่และอันตรายในขณะที่ดร. โรบ็อตนิค (จิม แคร์รี่ย์) กลับมาพร้อมกับแผนการอันเลวร้ายยิ่งกว่าที่เคยมีมา คราวนี้ ความทะเยอทะยานของ Robotnik เป็นมากกว่าการพิชิตโลก เขาพยายามที่จะควบคุมพลังงานของปรากฏการณ์จักรวาลลึกลับที่สามารถเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของจักรวาลได้
การเข้าร่วม Robotnik คือ Shadow the Hedgehog คู่แข่งที่น่าเกรงขามซึ่งมีความสามารถที่เหนือกว่าและความเชื่อมโยงลึกลับกับต้นกำเนิดของ Sonic ขณะที่โซนิคเผชิญหน้ากับชาโดว์ เขาจะต้องพิสูจน์ด้วยว่าพลังแห่งมิตรภาพและความไว้วางใจสามารถเอาชนะอุปสรรคใดๆ ได้
